Il est possible de produire dans un même processus à la fois des combustibles gazeux ou liquides et des composts de grande qualité à partir de la biomasse verte (végétaux utilisés en général avant leur pleine maturité).
Des espèces comme la betterave (le maïs également) donneront de l'éthanol mais il sera nécessaire de traiter la matière première dans des usines qui, pour être rentables, devront avoir une taille critique importante.
Cela implique une forte centralisation du traitement qui a pour conséquence une activité importante de transport de la matière première des lieux de culture (par définition très dispersés dans l'espace) vers l'usine de transformation et de nombreux transports pour la distribution.
En outre la culture de la betterave nécessite de nombreux traitements et intrants d'origine pétrolière, qui sont source de pollutions, tandis que le maïs, très largement irrigué, porte des atteintes importantes à la qualité et à la quantité des eaux (il faut envisager que des années très sèches puissent devenir fréquentes).
Il conviendrait d'utiliser, dans la mesure du possible, des plantes plus rustiques, moins sensibles aux parasites et à la sécheresse.
Les oléagineux (colza, tournesol...) permettent de produire des biocarburants huileux qui peuvent être utilisés de différentes façons : par des transformations qui seront le propre d'une industrie "lourde" (transestérification pour obtenir des Emvh, ou ester méthylique d'huile végétale) ou pures après pressage à froid, avec la production en simultané de tourteaux pour l'alimentation du bétail.
Les huiles végétales pures (HVP) ou brutes (HVB) destinées aux moteurs diesel permettent la mise en place de filières locales avec réseaux de production - distribution ne nécessitant pas de transports multiples sur des distances importantes.
Elles peuvent être produites à partir de plantes relativement rustiques capables de fournir de bons rendements sans irrigation, comme le tournesol.
Mais il serait peut-être intéressant de tester la culture d'autres espèces, comme l'amaranthe (une des premières source d'alimentation de l'humanité dans de nombreuses civilisations anciennes, une céréale très riche en protéines, minéraux, oligo-éléments, et qui offre dans certaines conditions des rendements élevés, jusqu'à 40 t / ha).
Il est également possible de produire des combustibles liquides ou gazeux à partir de la forêt (méthanol par exemple) mais on peut aussi envisager l'intégration de la sylviculture dans une filière de production de biocarburants sans qu'un quelconque combustible soit directement tiré du bois.
En effet il existe des sous produits de l'agroforesterie et de l'industrie du bois (écorce, branches et branchages, sciures et copeaux...) qui seraient d'excellents amendements soit en utilisation directe par épandage sur les terres de déchets de bois correctement fragmentés, soit peut-être par transformation de ce bois en charbon de bois qui, d'après certaines études, aurait d'intéressantes vertus pour augmenter la productivité des sols.
De surcroît ces deux voies conduisent à améliorer, en plus de leur fertilité, la faculté des sols à retenir l'humidité, ce qui n'est pas un facteur à négliger dans l'hypothèse d'une multiplication des périodes de sécheresse.
